1990-cı ildə Azərbaycana qayıdan Heydər Əliyev öncəBakıda, daha sonra Naxçıvanda yaşamışdır. Xalqı tərəfindən böyükhörmət sahibi olan Heydər Əliyev 1990-cı il 30 sentyabrseçkilərində o Nehrəm seçki dairəsindən Azərbaycan SSR-nin xalqdeputatlığına, M.F.Axundov seçki dairəsindən Naxçıvan MSSR-in xalq deputatı seçilir. 3 sentyabr 1991-ci il tarixində isə NaxçıvanMSSR-in Ali Məclisinin sədri seçilmişdir.
Blokada şəraitində yaşayan Naxçıvan Muxtar Respublikasıbir çox çətinliklər ilə üz-üzə qalmışdır. Naxçıvanın sosial-iqtisadidurumunun bərbadlığı, hakimiyyətin muxtar qurum üzərindəoynamağa çalışdığı oyunlar Muxtar Respublikanın vəziyyətiniolduqca mürəkkəbləşdirmişdi. Yalnız 1991-ci il sentyabrın 3-də Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin sədri seçilənÜmummilli Lider Heydər Əliyevin gərgin fəaliyyəti və səylərisayəsində muxtar respublikada sabitlik təmin edildi və Naxçıvandasosial-iqtisadi vəziyyət yaxşılaşdırıldı.
Blokada şəraitində olan Muxtar Respublikanın inkişafı vəsabitliyinin davamlılığını təmin etmək üçün regional və beynəlxalqəlaqələrin formalaşdırılması, eləcə də inkişafı yönündə mühümaddımlar atıldı. Türkiyə və İranla qarşılıqlı əməkdaşlığa vətərəfdaşlığa əsaslanan ilk rəsmi təmaslar təşkil olundu. Blokadaşəraitində olan Muxtar Respublikanın inkişafı və sabitliyinindavamlılığını təmin etmək üçün regional və beynəlxalq əlaqələrinformalaşdırılması, eləcə də inkişafı yönündə mühüm addımlar atıldı. 24 mart 1992-ci il tarixində Ankarada Naxçıvan MR-lə TürkiyəCümhuriyyəti arasında işbirliyi protokolunun imzalanması bubaxımdan müstəsna əhəmiyyətə malikdir.
1990-cı ilin noyabrın 17-də Heydər Əliyevin təşəbbüsü iləo vaxt Naxçıvan Muxtar Sovet Sosialist Respublikasının adıdəyişdirilmiş və “Sovet Sosialist” sözləri o addan götürülərək, Naxçıvan Muxtar Respublikası adlandırılmışıdır. Heydər Əliyevinsəyi nəticəsində keçirilən sessiyada Azərbaycan XalqCümhuriyyətinin üçrəngli bayrağı Naxçıvanda rəsmi bayraq kimiqəbul edilmiş və bütün auditoriya qarşısında “qanlı bayraq” kimiyaddaşlara həkk olan sovet bayrağı iclasdan götürülərək igidlikrəmzi olan şanlı üçrəngli bayrağımız onun yerini əvəz etmişdir. O zaman Heydər Əliyev Azərbaycan Ali Soveti qarşısında vəsatətqaldırmışdır ki, oxşar addımı Azərbaycan Ali Soveti də etsin. Ancaqozamankı rəhbərlik bunu etməmişdir. 3 aydan sonra isə 1991-ci ilfevral ayının 5-də Azərbaycan Respublikasının Ali Soveti“Azərbaycan Respublikasının Dövlət Bayrağı” haqqında qanunuqəbul edərək onu Dövlət Bayrağı elan etmişdir. Heydər Əliyeviniştirakı ilə xalqımızın bütün milli və dini bayramları, mərasimləriNaxçıvanda geniş şəkildə qeyd olunmağa başlanılmışdır.
1992-ci ilin oktyabrında dahi Azərbaycan şairi vəmütəfəkkiri Hüseyn Cavidin 110 illiyi Naxçıvanda təntənəli şəkildəqeyd edildi. Ulu öndərin şəxsi təşəbbüsü ilə 24 mart 1992-ci ildəTürkiyə Cumhuriyyəti ilə bağlanmış 100 nəfər naxçıvanlı gəncinTürkiyənin ali məktəblərində təhsil almasını nəzərdə tutan protokolNaxçıvanda təhsil sisteminin inkişafına atılmış ilk addımlardan biriidi. Həmin il Naxçıvan Dövlət Universitetinin 25 illik yubileyindəHeydər Əliyevin iştirakı ilə geniş şəkildə qeyd edilmişdir. O, NDUnun yüksəkixtisaslı kadrların yetişməsində böyük roloynadığını qeyd etmiş, öz arzularını və tövsiyələrini tələbə-müəllimheyətinə çatdırmışdır.
Ulu Öndərin rəhbərliyi ilə Naxçıvan Muxtar Respublikasının Ali Məclisində Muxtar Respublikanın dövlət quruculuğu, müdafiə və hərbi quruculuq məsələləri, hakimiyyət və idarəetmə mexanizmlərinin təkmilləşdirilməsi, iqtisadi və siyasi böhranın aradan qaldırılması, iqtisadi islahatların keçirilməsi, xarici iqtisadi əlaqələrin yaradılması kimi qərarlar qəbul olunmuşdur.
Sənan Hüseynov – Nyu-York Elmlər Akademiyasının üzvü, ADNSU III kurs tələbəsi